Das TRR241 vereint exzellente Spitzenforschung zu chronisch entzündlichen Darmerkrankungen mit zwei der größten deutschen Behandlungszentren für CED-Patienten. So entsteht mit dem TRR241 ein einzigartiges Netzwerk, das durch herausragende Grundlagenwissenschaft und translationale Strukturen geprägt ist. Die Standorte Erlangen, Berlin, Kiel und Innsbruck sind über zahlreiche Brückenprojekte eng miteinander verflochten und bilden eine einzigartige Forschungsallianz. Durch komplementäre Fragestellungen, Modelle und Methoden entstehen im TRR241 starke Synergien, die die Entstehung chronisch entzündlicher Darmerkrankungen entschlüsseln. Mehr als 400 Publikationen, viele davon standortübergreifend, belegen den Erfolg der Zusammenarbeit im TRR241. Tandemprojekte zwischen forschenden Ärzten und Naturwissenschaftlern fördern gezielt die Zusammenarbeit von Grundlagen- und klinischer Forschung. Das „Translational Board“ des TRR241 gewährleistet dabei die Integration klinischer und experimenteller Ansätze im Forschungskonzept.
IBDome – Eine Plattform zur Erforschung von chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen
Das IBDome vereint genetische, molekulare und klinische Daten von Patient:innen mit Morbus Crohn und Colitis ulcerosa in einer gemeinsamen Datenbank. Forschende des TRR 241 nutzen diese Plattform, um neue Erkenntnisse über die Krankheitsmechanismen zu gewinnen und gezieltere Therapien zu entwickeln.
Bereits in der ersten Projektphase konnten wir:
- Eine gemeinsame Biobank in Erlangen und Berlin aufbauen
- Über 300 Patientenproben umfassend analysieren (z. B. Genexpression, Mikrobiom)
- Eine webbasierte Plattform zur Datenanalyse entwickeln (IBDome-Explorer)
In der nächsten Phase wollen wir noch mehr Patient:innen einbeziehen, langfristige Krankheitsverläufe untersuchen und innovative Analysemethoden wie Einzelzell-Sequenzierung nutzen. Unser langfristiges Ziel ist es, eine der weltweit größten öffentlich zugänglichen IBD-Datenbanken zu etablieren.
SEPIA – Eine Datenbank für Mausmodelle in der IBD-Forschung
SEPIA ist eine zentrale Plattform des TRR 241, die Sequenzierungsdaten aus verschiedenen Mausmodellen für chronisch-entzündliche Darmerkrankungen bündelt. Forschende innerhalb des Konsortiums können diese Daten nutzen, um Erkenntnisse über die Krankheitsmechanismen zu gewinnen und Mausmodelle mit klinischen Daten aus dem IBDome zu vergleichen.
Seit 2021 stehen die ersten Datensätze zur Verfügung, und in der nächsten Projektphase wird SEPIA in ein webbasiertes Tool integriert, das den Zugang und die Analyse der Daten erleichtert.
Langfristig soll SEPIA öffentlich zugänglich gemacht werden, um:
- Die Expression von Zielgenen im Darm und während der Entzündungsinduktion zu analysieren
- Neue Hypothesen zur IBD-Entstehung zu entwickeln
- Unnötige Tierversuche zu vermeiden und das 3R-Prinzip zu unterstützen
SEPIA ist ein Beispiel für die enge Zusammenarbeit innerhalb des TRR 241 und zeigt, wie Synergien zwischen Grundlagenforschung und Klinik genutzt werden können.
IEC-Atlas
IEC-Atlas ist eine Ressource für Forschende, die Transkriptomdaten aus Darmepithel-Organoiden analysieren möchten, die mit verschiedenen mikrobiellen, immunologischen und neuronalen Faktoren stimuliert wurden. Die Organoide wurden aus Krypten des Mausdarms sowie aus Patientenbiopsien gewonnen. Die Plattform ermöglicht es, die Antwort intestinaler Epithelzellen (IEC) auf unterschiedlichste mikrobielle, wirteigene und extrinsische Stimuli zu visualisieren und zu untersuchen.
Langfristig soll der IEC-Atlas Forschenden dabei helfen:
- Die molekularen Mechanismen der IEC-Antworten auf Entzündungsstimuli besser zu verstehen
- Neue Hypothesen zur Rolle der IECs in Darmentzündung zu entwickeln
- Die Translation experimenteller Ergebnisse in klinische Zusammenhänge zu fördern
Der IEC-Atlas ist ein Beispiel für die enge Zusammenarbeit zwischen mehreren Forschungslaboren in Erlangen und Berlin und zeigt, wie gemeinsame Expertise genutzt werden kann, um spezialisierte Ressourcen für die Analyse epithelialer Immunantworten zu schaffen und die translationale Forschung voranzutreiben.
Gleichzeitig ist der IEC-Atlas ein Beispiel dafür, wie Überschussmittel innerhalb des TRR 241 wettbewerblich und effektiv verteilt und eingesetzt wurden, um kleine Kooperationsprojekte an verschiedenen TRR 241-Standorten zu fördern. So konnte eine wertvolle Ressource geschaffen werden, die das Motto „IEC in IBD“ stärkt und der lokalen wie auch internationalen wissenschaftlichen Gemeinschaft zugutekommt.